E’ stato istituito nel 2000 nei cinque locali seminterrati della Matrice che si aprono sotto il transetto verso la Via Numea. In questi ambienti, destinati in passato a magazzini, è stato attuato un accurato restauro (arch. A. Lo Castro – ing. M Faillaci, 1999) che, oltre a mettere in collegamento gli originari monolocali, ha riportato alla luce elementi fondamentali per la storia dell’edificio: una parte della facciata medievale con frammenti del portale gotico dal quale si accedeva alla chiesa prima che fosse invertito il suo orientamento; il cantonale sud-occidentale della fabbrica quattrocentesca; le scalinate d’accesso a questi seminterrati, che tra il XVII e il XVIII sec. fungevano anche da cripta. Questi elementi si integrano al percorso espositivo del museo che spesso si presta ad allestimenti temporanei e tematici. 

Tra i molti reperti provenienti da chiese diroccate, ricordiamo l’esile statua di S. Paolino eremita (1605), quella di S. Nicola in trono (XVI sec.), gli arredi del santuario della Madonna della Luce (al momento inagibile). Molti sono gli elementi appartenuti alla matrice medievale (basi, mensole, cornici, fastigi, ecc.), tra i quali spicca il frammento dell’affresco di una colonna dell’antico impianto basilicale datato 1488. (A. Pettineo)